"The Darkest Minds" mengisahkan sebuah wabah mengerikan yang menewaskan 98% anak-anak Amerika. 2% anak-anak yang selamat menjadi manusia super yang bisa dijelaskan dengan warna, hijau (super cerdas), biru (telekinesis), kuning (kontrol atas listrik), jingga (kekuasaan atas pikiran), dan merah (kontrol api). Ruby Daly adaalah salah satu anak yang selamat dan dia termasuk golongan jingga. Dia dikirim ke Thurmond, sebuah kamp untuk anak-anak seperti dia. Selama di kamp dia ketakutan dan berusaha bersembunyi dalam golongan hijau setelah dia melihat golongannya dibawa pergi. Dia melakukan pelarian dengan beberapa anak lainnya, sejak saat itu kehidupannya berubah.