Berlatar belakang tahun 50-an, "The Master" mengangkat kisah seorang pria karismatik yang bercita-cita ingin membuat sebuah organisasi berbasis agama dimana organisasi tersebut menggambarkan kehidupan beragama di Amerika. Pria tersebut memiliki hubungan baik dengan gelandangan bernama Freddie (Joaquin Phoenix) yang nantinya akan menjadi orang kepercayaannya.
Dengan cepat, organisasi tersebut dikenal hingga ke seluruh penjuru Amerika. Namun, ketika kemampuannya untuk menjadi seorang mentor tumbuh, Freddie pun mulai mempertanyakan sistem kepercayaan yang menjadi dasar organisasi tersebut.