Nanny McPhee (Emma Thompson) kembali menghadapi anak-anak baru sebagai sang pengasuh yang muncul saat sangat dibutuhkan. Nanny muncul di hadapan seorang ibu muda, Isabel Green (Maggie Gyllenhaal), yang berusaha mengelola pertanian keluarga sementara suaminya ikut berperang.
Dalam kunjungannya, Nanny kemudian menyadari bahwa ketiga anak Isabel, Norman, Megsie dan Vincent, tengah berseteru dengan dua orang sepupu mereka dari kota yang menolak untuk pindah, Cyril dan Celia. Dengan kekuatan sihirnya, Nanny kemudian mengajarkan anak-anak badung itu lima pelajaran baru.
Tak hanya itu, Nanny juga membantu mencari ayah Norman yang dikabarkan meninggal. Namun nyatanya telegram yang dikirimkan paman mereka itu hanyalah kebohongan yang dibuat sang paman agar ia bisa menjual pertanian itu.