Kisah Indy dalam film petualangan hasil besutan sutradara terkenal Steven Spielberg yang berdasarkan skenario buatan Lawrence Kasdan ini dimulai pada tahun 1936 ketika Indy ditemui oleh agen-agen pemerintah Amerika Serikat di kampus tempat ia mengajar. Lantaran Indya ahli dalam ilmu gaib, maka ia disewa untuk menemukan sebuah prasasti yaitu "Ark of the Covenant" yang dipercayai menyimpan 10 Perintah Tuhan. Pemerintah meminta Indy menemukan prasasti sebelum didapatkan oleh para agen Nazi Jerman.
Rupanya Hitler pun sangat menginginkan Ark of the Covenant yang dianggapnya dapat membuat para tentara Nazi menjadi sebuah kekuatan yang dahsyat tanpa bisa ditahan oleh senjata apapun di muka dunia. Untuk mencari Ark of the Covenant yang diduga terkubur dalam sebuah situs arkeologi di Mesir, Indy harus menemukan medali yang dapat menunjukkan tempat prastasi itu. Problemnya medali itu dimiliki mantan kekasih Indy, yaitu Marion Ravenwood (Karen Allen) yang hatinya pernah dihancurkan Indy. Jadi ada kemungkinan Marion yang kini menjalankan sebuah bar di Nepal, menolak membantunya.
Namun Marion akhirnya berubah pikiran ketika barnya dihancurkan oleh para bandit Asia dan hampir saja menemui kematian di tangan agen Nazi yang sadis, Toht (Ronald Lacey). Marion pun bergabung dengan Indy untuk pergi ke Mesir dan mencari prasasti tersebut. Dalam usaha pencariannya, Indy dan Marion yang dibantu oleh Sallah (John Rhys-Davies) harus bertarung melawan para Nazi dan bandit yang menginginkan nyawa mereka. Selain itu, mereka juga harus menghadapi para pengkhianat seperti Rene Belloq (Paul Freeman) dan Barranca (Vic Tablian).